Der Schwerpunkt der Abteilung "Mikroskopische Darstellung" des BNITM liegt in der Unterstützung von Projekten der Molekularen Parasitologie und der Virologie. Ein weiterer Schwerpunkt liegt in der Unterstützung der Diagnostik bei ungeklärten Fällen, sowie der Erkennung von alveolaren Echinokokkose, virale Encephalitis und weiteren Erkrankungen. So war die Elektronenmikroskopie auch ein wichtiger Bestandteil der Erkennung des derzeitigen Ebola-Ausbruchs im März 2014.
Als Nutzer kommen zunächst die Mitarbeiter des BNITM in Betracht. In Einzelfällen können auch, wenn die Auslastung der Geräte und Mitarbeiter es zulässt, Mitarbeiter anderer Institutionen die Geräte nutzen.
Für die Planung der Experimente wenden sich die Nutzer zunächst an die Leitung der Elektronenmikroskopie und vereinbaren einen Termin, in dem die Fragestellung diskutiert und die experimentelle Vorgehensweise abgesprochen wird.
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