NGS-Einheit

Die NGS Core Facility ist eine kürzlich eingerichtete und integrierte Einheit des BNITM, die ihre NGS-Unterstützung allen Forschungsgruppen des Instituts und externen Kooperationspartnern zur Verfügung stellt. Die Core Facility betreibt mehrere Sequenziergeräte der nächsten Generation mit der Sequencing-by-Synthesis-Technologie von Illumina, darunter NextSeq2000, NextSeq550, MiSeq und iSeq100, und verfügt über ein voll ausgestattetes Labor und Mitarbeiter, die in der Lage sind, eine Vielzahl von Sequenzieranwendungen durchzuführen - von der Probenvorbereitung bis zur Datenanalyse. Die NGS-Facility wurde gegründet, um Forschern dabei zu helfen, DNA- und RNA-Proben auf effiziente und wirtschaftliche Weise zu verarbeiten. Wir haben mehrere Pipelines für die Probenvorbereitung eingerichtet, um den Durchsatz zu erhöhen und technische Abweichungen zu minimieren. Durch die Zentralisierung von Geräten und Fachwissen konnten wir die Gesamtkosten für die wissenschaftliche Gemeinschaft drastisch senken und gleichzeitig die Effizienz und Qualität der erzeugten Daten erhöhen. Die Vorbereitung von Bibliotheken für verschiedene Anwendungen wird durch eine robuste Instrumenteninfrastruktur und ein geschlossenes Systemlabor unterstützt (z. B. Covaris, Bioanalyzer, Qubit, Pippin Prep, qPCR und mehr). Der NGS-Einheit bietet verschiedene Analysen im Single- oder Pair-End-Sequenzierungsmodus, einschließlich Multiplexing von Bibliotheken:

• Virale Metagenomik und Metatranskriptomik: RNA-Seq/DNA-Seq
• Genomweite Standortanalyse von Nukleinsäure-Protein-Interaktionen - ChIP-Seq, CLIP-Seq
• Vollständige Transkriptom-Sequenzierung: RNA-Seq
• Genomsequenzierung von Insekten
• Exom-Sequenzierung
• Entdeckung kleiner nicht-kodierender RNAs: ncRNA-Seq.
• Genomweite DNA-Methylierungsanalyse: Methyl/BS-Seq.
• De-novo-Sequenzierung und Re-Sequenzierung von genomischer DNA.
• Gezielte Anreicherung und Sequenzierung (Sequence Capture).
• Einzellige genomische Anwendungen (scRNA-Seq, scDNA-Seq)
• 16S Metagenomische Sequenzierung
• miRNA- und kleine RNA-Analyse
• Langstrecken-Amplikon-Sequenzierung