Hochdurchsatzsequenzierung (Next-Generation Sequencing, NGS) Einheit

 

Die Hochdurchsatzsequenzierung (Next-Generation Sequencing, NGS) Einheit, ist ein integrierte Einheit des BNITM, die NGS-Unterstützung bietet und gehört bei vielen Forschungsprojekten am BNITM mittlerweile zum festen Bestandteil des Methodenumfangs und wird routinemäßige genutzt. Die Einheit betreibt mehrere Next-Generation-Sequenzer, die die Sequenzierung durch Synthese-Technologie von Illumina verwenden, darunter NextSeq2000, NextSeq550, MiSeq und iSeq100. Sie unterhält ein voll ausgestattetes Labor und qualifiziertes Personal, das eine Vielzahl von Sequenzierungsanwendungen von der Probenpräparation bis zur Sequenzierung durchführen kann. Die Einheit unterstützt dabei aktiv die Planung und Durchführung der Projekte. Wir haben verschiedene Arbeitsabläufe und Pipelines für die Probenpräparation etabliert, um den Durchsatz zu erhöhen und technische Variationen zu minimieren. Durch die Zentralisierung von Geräten und Fachwissen haben wir die Effizienz und Qualität der generierten Daten erhöht. Die Vorbereitung von Bibliotheken für verschiedene Anwendungen wird von einer robusten Instrumenteninfrastruktur und einem geschlossenen Laborsystem unterstützt (z. B. Covaris, Bioanalyzer, Qubit, Pippin Prep, qPCR und mehr). Die NGS-Einheit bietet verschiedene Analysen im Single- oder Paired-End-Sequenziermodus an, einschließlich Multiplexing-Bibliotheken.

 

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Example of One Health metagenomic/metatranscriptomic pipeline developed for virus discovery.   ©Dániel Cadar (created with BioRender.com)
Zu sehen ist die Next-Generation Sequencing (NSG) Einheit des BNITM. Im Vordergrund steht ein großer weißer Kasten auf einem Tisch. in der Mitte verläuft ein breiter Leuchtstreifen, der in rosa-lila leuchtet. Oben sieht man einen großen Bildschirm, mit der Schrift estimated completion 18:26. Im Hintergrund stehen weitere Laborgeräte auf Tischen
illumina der Next-Generation Sequencing (NGS) Einheit des BNITM   ©BNITM

 

Das Methodenportfolio beinhaltet standardisierte Workflows und Pipelines für verschiedene NGS-Anwendungen:

  • Virale Metagenomik und Metatranskriptomik: RNA-Seq/DNA-Seq
  • Vollständige Transkriptom-Sequenzierung: Total RNA-Seq, mRNA
  • Genomsequenzierung von Insekten
  • Exom-Sequenzierung
  • Entdeckung kleiner nicht-kodierender RNAs: ncRNA-Seq.
  • Genomweite DNA-Methylierungsanalyse: Methyl-Seq.
  • De-novo-Sequenzierung und Re-Sequenzierung von genomischer DNA.
  • Gezielte Anreicherung und Sequenzierung (Sequence Capture).
  • Einzellige genomische Anwendungen (scRNA-Seq, scDNA-Seq)
  • 16S Metagenomische Sequenzierung
  • miRNA- und kleine RNA-Analyse
  • Langstrecken-Amplikon-Sequenzierung

 

Lab Group Cadar

Dr. Dániel Cadar: ein Forscher, der ein blau-weiß kariertes Hemd trägt und eine Glatze hat.
Research Group Leader

Dr. Dániel Cadar

Telefon: +49 40 285380-840

Fax: +49 40 285380-400

E-Mail: cadar@bnitm.de

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