Der Freundeskreis vergibt jährlich zwei Promotionspreise für die jeweils beste Dissertation in den Naturwissenschaften und in Medizin. Promovierte, die in den vergangenen zwei Jahren ihre Promotion am BNITM abgeschlossen haben, können sich selbstständig bewerben. Die Bewerbung sollte einen tabellarischen Lebenslauf, die Zusammenfassung der Doktorarbeit und eine Liste der eigenen Veröffentlichungen, ggf. auch eingereichte Manuskripte mit Angabe der Zeitschrift und des Stands der Begutachtung erhalten. Nach einer institutsweiten Ausschreibung werden die Bewerbungen von zwei externen Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern mit einem Punktesystem hinsichtlich Originalität, Qualität, Relevanz und Publikationsleistung bewertet, und die Bewerberinnen und Bewerber mit den höchsten Punktzahlen werden dem VdF-Vorstand zur Preisverleihung empfohlen. Die mit je 1.000 € dotierten Preise werden im Rahmen der jährlichen Mitgliederversammlung des Freundeskreises persönlich an die Preisträgerinnen und Preisträger überreicht.